Tiga puluh tahun yang lalu, kontak pertama alien ke bumi terjadi. Manusia menantikan serangan musuh tersebut, atau munculnya kecanggihan teknologi. Keduanya tidak terjadi. Justru, para alien mengungsi, kelompok terakhir yang selamat dari dunia mereka. Dibangunlah sebuah persinggahan di District 9 di Afrika Selatan.

Saat ini, kesabaran alien telah habis. Kendali atas mereka dipegang oleh Multi-National United (MNU), sebuah perusahaan swasta yang akan mendapatkan keuntungan jika mereka berhasil menciptakan senjata melawan alien. Sejauh ini MNU gagal; aktivasi senjata membutuhkan DNA alien. Ketegangan antara alien dan manusia memuncak saat petugas lapangan MNU, Wikus van der Merwe (Sharlto Copley), berkontraksi dengan virus misterius dan mengubah DNA dirinya.

Wikus menjadi manusia paling diburu diseluruh dunia, dirinya menjadi manusia paling berharga untuk menemukan rahasia teknologi alien. Terasingkan, hanya satu tempat yang tersisa untuknya : District 9.