Percy Jackson (Logan Lerman) awalnya tak tahu kalau dia adalah keturunan dewa Yunani kuno. Ia baru tahu setelah para dewa dan monster dari mitologi Yunani itu tiba-tiba saja keluar dari buku milik Percy dan mewujudkan diri. Celakanya, kabar ini bukan kabar baik buat Percy karena petir milik dewa Zeus (Sean Bean) hilang dan Percy adalah tertuduh utama.

Hilangnya petir Zeus ini membuat geger seluruh Olympia dan para dewa di langit terancam saling berperang yang akibatnya jelas adalah hancurnya alam semesta. Tidak ada yang bisa mencegah peperangan ini kecuali jika Percy berhasil menemukan petir Zeus dan membuktikan bahwa dirinya bukanlah pencuri seperti yang dituduhkan.

Sebelum solusi ditemukan, Percy harus menghadapi masalah baru. Ibu Percy, Sally Jackson (Catherine Keener) tiba-tiba menghilang. Sebagai keturunan dewa Poseidon (Kevin McKidd), Percy jelas memiliki kekuatan supranatural namun untuk menjalankan misi berat ini, jelas Percy tak akan mampu. Untungnya ada Annabeth Chase (Alexandra Daddario) dan Grover Underwood (Brandon T. Jackson) yang juga adalah keturunan para dewa yang siap membantu Percy.